最好的我们耿耿余淮的结局是在一起了。

在最好的我们电视剧中，因为与余淮的再次相遇，耿耿拒绝了路星河的又一次求婚，并且发现了余淮留在她高中课本里的数独，完成数独后，耿耿联系余淮，并说明了会一直等他在当时的树下相见。

最后的一幕是，余淮和耿耿在两人高中种下的小树下相见的情形。因此，这一幕虽然有留白，但应该是两个人在一起了。

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在电视剧《最好的我们》中，耿耿余淮最后在一起了。

余淮和耿耿分别多年后终于相见，两个人错过了太多年，而耿耿终于知道余淮离开的原因了，因为家庭变故的关系，余淮变得有些自卑，他觉得自己已经配不上优秀的耿耿。

这十年耿耿一直就没有忘记过余淮，在结局中，耿耿约余淮到晚秋高地见面，最终余淮来赴约，两个人相视一笑。